Taller de Introducción a la Bioinformática y análisis de datos metagenómicos
Objetivo del taller: Capacitar a las personas participantes en los conceptos básicos y herramientas fundamentales de la bioinformática y metagenómica, para que puedan aplicar estas tecnologías en estudios locales de biodiversidad y salud, promoviendo el desarrollo de proyectos de investigación que aborden problemas específicos de la región.
Fecha: 26 al 30 de agosto de 2024
Nivel: Básico-Intermedio
Idioma: español
Descripción: En los últimos años la metagenómica ha cobrado una gran importancia para el descubrimiento de nuevos grupos microorganismos y rutas metabólicas. En este taller revisaremos los métodos más recientes para analizar datos metagenómicos.
Durante este taller aprenderás a reconstruir genomas a partir de metagenomas utilizando diferentes herramientas de software libre. Revisaremos diferentes estrategias de binning y de predicción metabólica.
¿A quién va dirigido?
Este curso está dirigido a personas que desean aprender cómo reconstruir genomas desde metagenomas y hacer predicciones metabólicas. Las personas que deseen inscribirse al taller deben contar con conocimientos de linux.
Pre-requisitos:
- Computadora con al menos 8Gb de memoria.
- Acceso a una terminal de Linux.
- Nociones de cómputo en línea de comandos (Linux)
Duración del taller: 5 días
Cupo: Máximo 40 personas presencial
Modalidad: Híbrido
Costo:
- Estudiantes y profesores del TecNM campus Chiná: $700
- Público en general $ 2000
- Público modalidad virtual $ 1500
Instructores:
- Mirna Vázquez Rosas Landa. Instituto de Ciencias del Mar y Limnología, UNAM.
- Karina Verdel Aranda. TecNM campus Chiná
- Nelly Selem Mojica. Centro de Ciencias Matemáticas, UNAM
- Diana Hernández Oaxaca. Centro de Ciencias Genómicas, UNAM
Ayudantes:
- Shaddai. Postdoc Centro de Ciencias Matemáticas, UNAM
- Mariana Belem Becerril Jiménez. Instituto de Ciencias del Mar y Limnología, UNAM.
- Frida Nayeli López Ruiz. Instituto de Ciencias del Mar y Limnología, UNAM.
- Gabriel Yaxche Lona Téllez. Instituto de Ciencias del Mar y Limnología, UNAM.
Programa:
Día 1 y Día 2: Introducción a bioinformática y a la metagenómica.
Día 3: Reconstrucción de genomicas
- El árbol de la vida
- Filtrado de lecturas e interleaving
- Ensamble de lecturas
- Mapeo de lecturas
- Binning con diferentes herramientas
- Control de calidad de las reconstrucciones
- Limpieza de Bins
Día 4: Reconstrucción metabólica e inferencia filogenética
- Asignación taxonómica.
- Análisis de vías metabólicas.
- Un vistazo a la reconstrucción de la comunidad viral y eucariota
Dia 5:
- ¿Que es un amplicón? ¿De qué manera se puede ocupar? ¿De qué forma se obtienen estos datos?
- Flujo de datos con Qiime 2 (instalación, importe de datos y corte de adaptadores)
- Flujo de datos con Dada2
- Asignación taxonómica.
Página oficial del evento:
