Curso
Introducción al análisis de metagenomas
Objetivo del taller: Aprender a analizar datos metagenómicos utilizando herramientas de software libre.
Fecha: 17 al 21 de junio de 2024
Nivel: Básico-Intermedio
Idioma: Español
Descripción: En los últimos años la metagenómica ha cobrado una gran importancia para el descubrimiento de nuevos grupos microorganismos y rutas metabólicas. En este taller revisaremos los métodos más recientes para analizar datos metagenómicos, usando herramientas de software libre.
Durante este taller aprenderás a reconstruir genomas a partir de metagenomas utilizando diferentes herramientas de software libre. Revisaremos diferentes estrategias de binning y de predicción metabólica.
¿A quién va dirigido?
Este curso está dirigido a personas que desean aprender cómo reconstruir genomas desde metagenomas y hacer predicciones metabólicas. Las personas que deseen inscribirse al taller deben contar con conocimientos de linux.
Pre-requisitos:
- Computadora con al menos 8Gb de memoria.
- Acceso a una terminal de Linux.
- nociones de cómputo en línea de comandos (Linux)
Instructores:
- Mirna Vázquez Rosas Landa
- Francisco Javier Garcia de Leon
Programa:
Día 1: Introducción a la metagenómica y al análisis de secuencias (5 hrs)
- ¿Qué es la metagenómica?
- Filtrado de lecturas e interleaving
- Ensamble de lecturas
- Mapeo de lecturas
Día 2: Estrategias de Binning (5 hrs)
- Binning con diferentes herramientas
- Control de calidad de las reconstrucciones
- Limpieza de Bins
Día 3: Reconstrucción metabólica e inferencia filogenética (5 hrs)
- Asignación taxonómica.
- Asignación taxonómica utilizando reads crudos.
Día 4: Reconstrucción metabólica e inferencia filogenética (5 hrs)
- Análisis de vías metabólicas.
- Análisis de vías metabólicas utilizando reads crudos.
Día 5: Un vistazo a la reconstrucción de la comunidad viral y eucariota (5 hrs)
Los materiales los haremos disponibles en formato Rmarkdown.
